ファイルまたはディレクトリ～が壊れており、読み取ることができません。
CHKDSKユーティリティを実行してください。

上記表示が出て、特定のファイルやフォルダにアクセスできなくなります。
場合によっては、Windowsそのものの動作にも支障をきたします。

これは、表示のとおりファイル等が破損してしまったために起きているエラーです。
このままでは、該当のファイルにアクセスすることができないので、
その名のとおり、「chkdsk」を実行する必要があります。
ただし、そのまま「chkdsk」を実行しただけでは、実は何も状況が変わらなかったりします。

とりあえず、「CHKDSKユーティリティを実行してください」みたいなエラーが出ている場合は、
ハードディスクに不良セクタが発生している可能性があるので、
必要なデータのバックアップを最優先すべきです。

その後、「chkdsk」をするなり、エラーに対しての修復作業にあたったほうがいいです。
というのも、まれにハードディスクにとどめを刺してしまうことがありますので。

「CHKDSKユーティリティ」とは何か

「CHKDSKユーティリティ」とは、スキャンディスクのことです。
ドライブのエラーをチェックする、あれです。

具体的には、

ドライブ（「Cドライブ」等）の右クリックメニューから「プロパティ」
→ 「ツール」タブ
→ 「チェックする」
→ 動作オプションを選択してから「開始」

で、選択したディスクをチェックすることができます。

ファイルシステムの修復に関して

ここで、「オプション」というのがちょっとくせものです。
「Windows XP」だと、最初は何もチェックがなされていませんが、
この状態ではディスクのチェックを行っても、一切修復してくれないのです。

これには、それなりの理由があります。
ひとつは、データを書き換えるため、データ破損のリスクがあるということ。
もうひとつは、修復オプションを指定する場合、
「chkdsk」実行前にドライブをロックする必要があり、多少手間がかかるということがあります。
詳細は下記ページにまとめてあります。

「chkdsk」と修復オプション

ただ、「CHKDSKユーティリティを実行してください」と表示されているということは、
程度の差こそあれ、ファイルシステムの破損は明らかです。
つまり、「ファイルシステムエラーを自動的に修復する」にチェックを入れて、
「開始」を選択する必要があります。

前述のとおり、修復オプションを実行するためには、ドライブのロックが必要です。
従って、システムパーティションを修復する際は、一旦Windowsを終了する必要があります。
画面上の操作としては、再起動時に「chkdsk」の実行を予約することになります。
確認画面が出てくるので、「はい」を選択して再起動します。

再起動時に「chkdsk」が実行され、ファイルシステムの修復が試みられます。
時間のかかる作業になるかもしれませんが、完了するまで待ってあげてください。