普段パソコンを使っているうえで意識されることはほとんどありませんが、
ハードディスク等の補助記憶装置内において重要な意味を持ち、アクセスされると真っ先に読み込まれるもの、
それがブートセクタです。

ブートセクタという名前から、
起動ディスクじゃないと必要でなく、存在すらしていないような感じさえ受けますが、
補助記憶装置であれば、ハードディスクだろうがUSBメモリだろうが必要なものです。

ブートセクタは、文字通り1つのセクタです。
セクタとは、補助記憶装置上の最小単位です。※基本的に、512バイト。

ブートセクタはファイルですらありません。
というか、ブートセクタはファイルを読み込むために必要な情報が収められている場所でもあるので、
ブートセクタを読み込まなければ、ファイルをファイルとして認識することができません。

従って、ブートセクタに問題があると、補助記憶装置の動作に致命的な支障をきたします。
具体的に、どのブートセクタの何が問題なのかを理解するためには、
事前にブートセクタの役割をある程度知っておく必要があります。

ディスクごとのブートセクタ、MBR

パソコンがハードディスク等の補助記憶装置にアクセスすると、
まず補助記憶装置の先頭セクタを読み込みます。
この、最初に読み込まれる補助記憶装置の先頭セクタが、MBR（マスターブートレコード）です。
つまりMBRは、どの補助記憶装置にも必ず1つだけ存在するブートセクタです。

MBRにはパーティションテーブルと呼ばれる領域があり、
補助記憶装置内のどこにどういった種類のパーティションがあるかという情報が収められています。
パーティションの場所を定めているMBR自体は、どのパーティションにも属していません。
ちなみに、パーティションが4つまでしか作成できない（論理ドライブ除く）という制限があるのは、
パーティションテーブルが、パーティション4つ分の情報を収めるだけの容量しかないからです。

パーティションテーブルで、これらパーティションのうち1つだけをアクティブに設定することができます。
アクティブなパーティションがあると、
MBRを読み込んだ後に、アクティブパーティションの先頭セクタ（PBR）を読みにいきます。
つまり、アクティブパーティションというのは、いわゆる起動ドライブのことです。

アクティブなパーティションがなければ、起動処理が行われることもありません。
アクティブパーティションがないということは、
その補助記憶装置が起動ディスクとして使われないことを意味します。

パーティションごとのブートセクタ、PBR

そして、パーティションの先頭セクタがPBR（パーティションブートレコード）です。
つまり、PBRはパーティションごとにパーティションの数だけ存在しています。

PBRには、このパーティションがどういったファイルシステムでどのようにフォーマットされているか、
MFTがどこにあるのか等、そのパーティションに関する重要な情報が収められています。
逆に言えば、パーティションをフォーマットするというのは、PBRを作り直す作業なのです。

さらに、アクティブパーティションのPBRは、起動に際して重要な役割を担っています。
アクティブパーティションのPBRが読み込まれると、
その内容に従ってパーティション内に保存されている「BOOTMGR」等のブートローダを読みにいきます。
このブートローダが、ハードディスク内で一番最初に読み込まれるファイルです。
そこから、Windows等のOSが起動していくことになります。

ちなみに、Microsoftが言うブートセクタとは、PBRのことだけを指しています。

ブートセクタは、大きく分けて2種類

ブートセクタは、大きくMBRとPBRの2種類に分けられます。
今までの内容を簡単にまとめます。

MBR マスターブートレコード。
補助記憶装置の、最初のセクタ。
各補助記憶装置ごとに1つある。
PBR パーティションブートレコード。
パーティションの、最初のセクタ。
各パーティションごとに1つある。

つまり、それぞれのハードディスクごとに、
1つのMBRと、パーティションの数だけのPBRがあるということです。
※論理ドライブの場合は、拡張パーティションブートレコードとPBRが1セットになります。

さらにそれぞれのブートセクタの中を見てみると、
決められたプログラム部分と、サイズやフォーマット等の固有情報が収められた部分があります。
プログラム部分は、OSが同じであれば基本的に同じですが、
固有情報の部分は、それこそ使われ方の分だけ違う可能性があります。

起動トラブルとブートセクタ

前述のとおり、ブートセクタはOSの起動に関して非常に重要な役割を持っています。
ハードディスク内において、

MBR → アクティブパーティションのPBR → ブートローダ

と起動処理が進んでいく仕組みは、基礎的なものです。

ブートセクタに問題があると、OSを起動できないどころか、ファイルを読み込むまでにも至らず、
パソコンのシステムとしては、起動しようとしていないも同然です。

特に、ほとんどハードディスクが読み込まれることなく、真っ黒な画面で英字しか表示されない場合は、
起動できない原因がブートセクタにある可能性も否定できません。
日常的にブートセクタの働きを意識することはありませんし、その必要もないと思いますが、
万が一パソコンが起動しなくなった場合は、ブートセクタにも注意を払う必要があるはずです。